Saludos,
- Si tienes un Lenovo debes de saber que estos traen otro botón físico para encender y mostrar las opciones de arranque, para más información googlea la marca y modelo de tu Notebook + boot USB, o lee tu manual de usuario

- Las opciones de carga del sistema operativo aparecen después que cargó la BIOS, así que nada tiene que ver, solo que si no se usa el botón aparte que trae Lenovo se pasa a iniciar el Sistema sin pasar por las opciones BIOS que quieres.
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- Por cierto, Windows suele crear una Partición sin asignar (sin Letra) donde guarda su Arrancador (BootLoader), supongo que Linux a creado su propio Arrancador en tu disco externo e importado el arranque de Windows para que permita elegir con cual arrancar, PERO esto ya lo administra el Arrancador de Linux que está en tu disco externo.
-- Normalmente bastaría con quitar el disco externo, ingresar al Administrador de Discos en Windows y marcar como Activa la partición sin asignar (que normalmente tiene una capacidad de 300 a 500 MB). Luego se reinicia y listo.
- Si quieres reconstruir de cero el Arrancador de Windows, tienes que hacerlo desde Consola, puedes arrancar desde el DVD/USB de instalación de Windows > Reparar equipo > Solucionar problemas > Opciones avanzadas > Símbolo del sistema
1.- Encontrar a Windows:bootrec /ScanOs
-- Este comando debería de encontrar donde está instalado Windows, nos interesa la Unidad que indique en ese momento (Ej.: C:\Windows)
2.- Escribir el Sector de Arranque en la Unidad que contiene a Windows
bootsect /nt60 C: /force
-- Este comando escribe el sector de arranque para Windows Vista/8/8.1/10 en la Unidad C: (unidad hallada en el paso 1 seguida de dos puntos C:)
3.- Marcar la Unidad que contiene a Windows como Activa
diskpart
list volume
select volume 1
active
- Estos comandos marcan como activa a la Unidad que contiene a Windows, asegurarse de poner el número correcto en select volume, el número correcto es el correspondiente a la Letra de Unidad hallada en el paso 1.
4.- Reconstruir el Arranque de Windows
bootrec /FixMbr
bootrec /FixBoot
bootrec /RebuildBcd
-- Estos comandos reconstruyen desde cero el arranque de Windows, buscan donde está instalado Windows y permiten elegir el agregar dicha instalación al Arranque.
5.- Reiniciar el PC y listo.-- Probado en un Windows 8 (64-bit) BIOS (NO UEFI) instalado en un Disco Duro limpio, el sistema de instalación de windows creó automáticamente (por defecto) una partición de 350 MB donde pone el Arrancador del Sistema. Una vez instalado el Sistema, se procedió a eliminar mencionada Partición de Arranque, Windows no volvió a arrancar (ERROR: ), luego se siguieron los pasos del tutorial y se solucionó el problema.
Referencias:https://neosmart.net/wiki/bootsect/https://neosmart.net/wiki/repair-dual-boot-configuration/