Formateo a Low Level Format HDD. HDDGurú a tope!
Y después algún Win7 genuino

Los drivers uno por uno de la página del fabricante, si no es que Win7 ya te reconce la mayoría por Windows Update.

Es que antes de formatear todo quiero asegurarme que va a servir para algo. Ya utilize la herramienta Acer eRecovery. Pero eso no se si es un formateo de bajo nivel, pero el problema no se soluciono ni con eso, con lo cual pensaba que era algo de hardware.
Si voy a hacer un formateo de todo e instalar un W7pirata quitando el de fabrica que tiene ahora el Acer quiero estar seguro de que al menos servira para algo.

Se me ha ocurrido que no tengo porque formatear en principio, porque si hago una particion de 50gb e instalo ubuntu, si el problema esta en el windows7 tambien deberia irse usando la particion de ubuntu no? y si compruebo que es eso ya puedo formatear.

eso, entonces si es problema de software, concretamente tu SO Windows, suele pasar.

Formatea y reinstala, no hay de otra.

Mirad, si instalo un W7 pirata se va el problema, pero lo que pasa es que el ordeador se calienta mucho y no va bien, ya que como no es el software original pues viene ese problema de sobrecalentamiento y ralentización. Pero el otro problema SI se va, aunque como aparecen otros no vale la pena. 

Pero si instalo el software original de ACER con acer eRecovery(para el que no lo sepa es una aplicación que permite formatear todo el disco duro y dejarlo como al primer uso) vuelve a aparecer el problema.

Entonces tiene que ser algo del software de windows seguro ya que si lo cambio por otro el problema desaparece. Ahora bien, ¿que parte del software exactamente provoca el problema? ¿Drivers? ¿Algun archivo importante de windows? No tengo ni idea.