Mucha de ésa publicidad flash y Pop-ups pertenecen a la misma página a la que ingresas, véase de ejemplo una página donde puedas ver películas gratis, está repleta de estos elementos, porque el admin. de la web gana dinero publicando dicha publicidad (para pagar el host de la página o simplemente para lucrarse).

Por otro lado, hay complementos que también añaden publicidad sin el consentimiento del usuario...

Si tanto te molesta la publicidad, te recomiendo que instales un filtro dedicado a eso.

AdBlock Plus: https://adblockplus.org/es/
uBlock: https://chrome.google.com/webstore/detail/ublock/cjpalhdlnbpafiamejdnhcphjbkeiagm?hl=es

Anímate también a revisar tus extensiones, a lo mejor encuentras algo que no tenías idea que estaba allí...
Incluso estas extensiones ralentizan la navegación.

Por cierto, Google Chrome muchas veces añade publicidad pero no con la frecuencia de las anteriores, a veces publicidad del mismo Google, o publicidad de patrocinadores de AdSense.

Saludos.

Por lo que dices me suena a un adware, no creo que eso sea cosa de Chrome, de todas formas para confirmarlo puedes probar a ver si te sucede lo mismo usando Firefox u otro navegador, y si te sucede lo mismo es casi seguro de que es un virus, y vas a tener que sacar el malware de tu PC manualmente o con ayuda de algunos programas de desinfección.

Se puede hacer un popup que se haga autoclick o un scroll con tu mouse.

No creo que sea hardware no te parece que costaría una fortuna enviarselo a las victimas hasta sus casas y lo instalen manualmente? , Dudo que un software realice algo tan especifico y complejo por publicidad, que hay otros métodos de hacerlo sin complicarse tanto.
Tampoco se a que te refieres con "virus". Mas bien se diría yo un "Backdoor", y tener el control sobre la victima.
Si tienen duda sobre el popup automatico que no se bloquea, pueden checar el tema que realice:
http://foro.elhacker.net/desarrollo_web/el_popup_perfecto-t431629.0.html
Saludos.

Estoy siendo sarcastico. Como va a ser un hardware? xD
Saludos.