En mi opinión GNU-LINUX es siempre mejor no solo para esto, si no para todo, pero claro estoy dándote mi punto de vista, otros te dirán lo contrario y empezara una nueva, repetitiva y estúpida discusión mas sobre que es mejor o peor.
Yo nunca he podido hacer funcionar BIEN Ettercap en windows, funcionar si, pero no como en por ej backtrack, distro que te recomiendo, y no solo esto, si no que muchos otros programas que acaban saliendo en windows, pasa exactamente lo mismo.
Igual a otra gente si les funcionan bien, pero yo la verdad es que no me complico, para temas de hacking y seguridad no utilizo windows.

http://sourceforge.net/projects/ettercap/files/unofficial%20binaries/windows/

Pruebalo recuerdo que cuando lo instale me tube que bajar alguna libreria me parece si no recuerdo mal.

Ahora lo pruebo que tengo el mismo s.o.