Mmmm... No sé, por dar ideas.
Supongo que la posición de los iconos depende del registro.
¿Tienes un windows modificado u original? ¿Has pasado el antivirus? ¿Has tocado algo en el registro de windows?
Edito: Mira esto.
http://bandaancha.eu/tema/1645893/no-guarda-posicion-iconos-escritorio