No, los programas no te funcionarán, los tendrás que volver a instalar para que funcionen.

El motivo:

Porque los programas se instalan en Archivos de Programa, cierto, pero también incluyen librerías (dlls) de Windows que se instalan en la C:\, archivos comunes  y también añaden claves en el registro de Windows que también está en la C:\

Normalmente en la D:\ no se deberían instalar programas, es mejor para descargas pesadas, fotografías, videos, películas y cosas así, que se puedan mover de disco duro o de partición sin causar conflictos.