Hola Farhon3, permíteme que antes de responderte te presente mis felicitaciones y respetos por tu avatar.

Dicho esto, paso a explicarte como suelo hacerlo yo habitualmente.

1) Instala Windows en el disco duro que desees, como por ejemplo podría ser el primer disco duro. Windows no solo instalará el SO, sino que también el consiguiente sistema de arranque.

2) Instala tu distribución de Linux favorita en el segundo disco duro. Casi con toda seguridad, esta distribución detectará, reconocerá y te permitirá instalar de forma automática, el GRUB (sistema de arranque universal) en el primer disco duro. Este sistema de arranque te incluirá la opción de elegir durante 5 segundos entre tu sistema Linux o la alternativa de Microsoft cada vez que inicies la máquina. No tiene pérdida ni mayor misterio.

Distribuciones Linux que sepa a ciencia cierta que realizan este proceso correctamente: Debian, Ubuntu, CentOS, Mandriva, Fedora, Suse, Slackware. Estoy convencido de que prácticamente todas lo hacen, pero de estas, te puedo dar la certeza más absoluta.

Lo he explicado de forma un poco general y sin entrar en muchos detalles, ya que pienso que no tendrás demasiadas complicaciones. Si necesitas alguna aclaración extra o duda, ya me lo harás saber.

Muchas gracias. Tengo una duda mas, supongamos que el GRUB se instalo automaticamente, como le hago para desinstalarlo y despues instalarlo en una particion diferente?
Tambien me gustaria saber si es posible instalarlo en un floppy o en una usb y como se hace.

posteare mi pregunta ahi entonces, gracias.