Es que justamente si tiene alguna categoría ignorada
El foro no tiene funcionalidad para ignorar X categoría. Si se tiene acceso a un subforo, se ve tanto en el índice como en "Mostrar todos los mensajes no leídos".
El collapse que has mencionado previamente, es solo eso, un colapso de la sección, pero no ejerce ninguna funcionalidad sobre el resto del foro. Sigues pudiendo acceder al los subforos de la sección colapsada desde un enlace (por ejemplo) y sigues pudiendo ver nuevos temas y mensajes en dichos subforos en "Mostrar todos los mensajes no leídos"
Saludos