Acabo de probar JDownloader 2 y funciona perfecto con Mega (cuenta free)...

Saludos!

- Por experiencia se que Mega no "toma como válida" la cuenta puesta en jDowloader. Te sugiero usar MEGASync: https://mega.nz/sync ya que mi jDownloader se estresa a los 2GB aunque tenga puesta una cuenta, sin embargo si uso esa misma cuenta en MegaSync no tengo problemas.

- Por cierto, MEGASync guarda la cuenta en "%localappdata%\Mega Limited\MEGAsync\MEGAsync.cfg", yo tengo varios MEGAsync.cfg que voy poniendo y/o sacando para usar distintas cuentas. Mega tiene un bajo control sobre la legitimidad del e-mail, yo me creo varias cuentas usando generadores de cuentas como fakemail u otros.