Hola, por lo general es un poco fastidioso este proceso. Pero la forma de la que lo he cho es asi:

Digamos que tengo un CD 1 que tiene 2 carpetas:

Carpeta1
Carpeta2

Y dentro de la carpeta 1 hay un archivo que se llama "Archivo1"

Y digamos que tengo un CD 2 que tiene 2 carpetas:

Carpeta 1
Carpeta 2

Y que tengo un archivo en la carpeta 2 llamado "Arabasta"


Si quiero tenerlo todos juntos solo debo entrelazar el contenido de las carpetas, es decir. Debo copiar todo el contenido de la carpeta 1 del CD 1 en la carpeta 1 del CD 2 e ir metiendo alli todos los archivos segun correpondan sus nombres en la carpeta. Y lo mismo va para la carpeta 2, y asi sucesivamente si hay mas carpetas. Al hacer todo este proceso te recomiendo que copies primero, todo el contenido de cada CD en carpeta aparte en tu disco duro para que vayas uniendo todo poco a poco. Luego cuando tengas lista la carpeta final con todos los archivos, creas una ISO con esos archivos, puedes usar el Ultra-ISO que es muy o algun otro busca en google. Espero haberte ayudado camarada   

Monta esos dos archivos en el programa daemon tools y al crear 2 unidades virtuales solo arrastra esos archivos al programa UltraISO para crees tu imagen