Muy buena pregunta.

Es el comportamiento normal que queden anidadas, así ocupan menos espacio.

Snpashots no son backups:
https://forums.virtualbox.org/viewtopic.php?f=35&t=84332

Creo que cuando borras una de por en medio te avisa:

Las instantáneas (snapshots) en VirtualBox son efectivamente incrementales y están encadenadas. Esto significa que cada instantánea depende de la anterior, y juntas forman una serie de cambios desde la instantánea inicial hasta el estado actual de la máquina virtual.

Concepto de Instantáneas en VirtualBox
Instantánea inicial: Es el estado de la máquina virtual en el momento en que se tomó la primera instantánea.
Instantáneas incrementales: Cada instantánea posterior registra solo los cambios realizados desde la instantánea anterior.
Borrar Instantáneas
Al borrar una instantánea en VirtualBox, no necesariamente pierdes todas las instantáneas posteriores, pero el proceso puede ser un poco complicado y depende de la estructura de las instantáneas. Aquí hay algunos puntos clave para entender:

Fusionar instantáneas: Si eliminas una instantánea intermedia (por ejemplo, 10.1.1), VirtualBox fusionará los cambios de esa instantánea con la siguiente instantánea. Esto significa que los cambios se aplicarán a la siguiente instantánea en la cadena, manteniendo la consistencia del estado de la máquina virtual.

Borrar la última instantánea: Si eliminas la última instantánea en la cadena, VirtualBox simplemente eliminará los cambios registrados en esa instantánea y revertirá la máquina virtual al estado de la instantánea anterior.

Borrar todas las instantáneas: Si decides eliminar todas las instantáneas, VirtualBox fusionará todos los cambios y la máquina virtual se quedará en el estado más reciente (estado actual), sin ninguna instantánea.