Hola

Ando buscando alguna aplicación parecida a UPX que comprime un Ejecutable y luego basta correr el archivo comprimido y se Ejecuta el Exe, pero necesito que la aplicación acepte algún método de Password. Que yo deba ingresar la pass para que se ejecute y si es por linea de comando mejor aun.

Ya intente con MoleBox pero no tiene esa opción, la verdad busque y busque y ninguno trae una opción de Password.

Aparte de los que te indica tincopasan puedes probar este programa freeware:

http://accessprogprotect.no-ip.org/