Si montas los ejecutables dentro de un archivo de truecrypt, piensa que cuando haces un "mount" la unidad se abre como si fuera un disco extraíble virtual.


En caso de que tengas el truecrypt en una unidad usb, igualmente se te puede infectar, ya que el truecryt tiene como objetivo cifrar archivos mediante contraseña.

Puedes tener el truecrypt, un archivo *.TC con cosas dentro cifradas y aparte otros archivos, eso no te salvará de la infección del pendrive.