Está interesante lo que planteás, aunque tal vez demasiado amplio (al menos en mi cabeza), pero voy a intentar contestar algunos puntos.

Creo que lo primero es separar dos problemas distintos: Por un lado está "¿podemos construir un sistema de votación por internet que sea realmente confiable?" y por otro "¿cómo debería funcionar una plataforma donde la gente propone cosas, discute, argumenta y vota?". En ambos se pueden evaluar cosas bastante interesantes, y particularmente en lo segundo, por cómo lo describís no hablamos solamente de una plataforma de votos sino de deliberación.

Partiendo de tu pregunta, ¿qué tan probable es que alguien haga trampa? y ¿qué tipos de trampa pueden hacerse? Es cierto que hay algunas bastante obvias como mencionás: votar más de una vez, crear muchas cuentas, usar bots, robar una cuenta, alterar el resultado desde el servidor, darle más peso a determinados usuarios, eliminar votos, afectar la disponibilidad del sistema durante la votación (impedir votos), etc.

Pero más que enumerar todas las posibles trampas y sus posibles mitigaciones, iría a los principios fundamentales de la democracia, donde el voto debe ser libre, secreto, verificable y legítimo.

• Libre: nadie debe poder obligarme a que vote algo determinado.
• Secreto: nadie debe poder saber qué voté.
• Verificable: debe existir alguna forma de comprobar que mi voto fue registrado y contabilizado.
• Legítimo: solamente deben votar quienes tienen derecho a hacerlo y cada uno tiene exactamente el peso que le corresponde.

Y ahí aparecen algunos problemas de diseño del sistema: para evitar que yo vote dos veces el sistema necesita saber que yo ya voté. Pero para que el voto sea secreto, después no debería poder saberse qué voté yo. Es decir, necesitás demostrar que una persona tiene derecho a votar, pero después romper deliberadamente el vínculo entre esa persona y su voto.
Y hay otras vueltas que le podemos dar al tema, por ejemplo, ¿cómo permitís que yo compruebe que mi voto fue contado sin darme una especie de recibo que después pueda mostrarle a otra persona y muestre a qué voté? Porque eso abre la puerta a la coerción o compra de votos.

Ahí entran cosas como criptografía, firmas digitales, blockchain, pruebas de conocimiento cero, etc. No necesariamente hay que usar todas, pero existen técnicas bastante interesantes para resolver partes de este problema.

Después, está el problema de la manipulación. Incluso suponiendo que consigas una urna digital prácticamente perfecta, es posible manipular la decisión sin tocar un solo voto. Por ejemplo, si tenés 500 respuestas a una propuesta y el sistema muestra primero las que tienen más likes/puntos, estás decidiendo qué opiniones ve primero la gente. Y eso puede manipularse con bots, cuentas falsas, usuarios coordinados, compra de interacciones u otras técnicas. También el propio algoritmo que decide qué mostrar puede convertirse en una forma de poder (es solo ver el ejemplo de la manipulación en plataformas como Meta, X, etc.). Digo, hay que distinguir seguridad del voto  y resistencia a la manipulación de la conversación. En ese sentido, tu idea de separar las conversaciones de la lista principal de respuestas es interesante, aunque habría que revisarla y desarrollarla con cuidado.

Como aporte, existen ideas como la democracia líquida, que no digo que sea necesariamente el modelo que habría que usar, pero es un ejemplo de que existen formas bastante más sofisticadas de participación que una encuesta tradicional y que intentan cuidar estas cosas que menciono. También hay plataformas y experiencias reales que han intentado distintas partes de esto, LiquidFeedback y Decidim se me ocurren ahora.

Otro punto que parece obvio pero no siempre lo es: esto debe ser software libre. Tanto el código como los mecanismos de auditoría deben ser abiertos, no porque necesariamente sea más seguro, sino porque en un sistema del que depende una decisión colectiva posiblemente de alto impacto no se debería plantear "confíen en nosotros, el servidor hizo todo correctamente" sino más bien "desconfíen y verifiquen". Ahí la criptografía y el software libre pueden aportar muchísimo.

En definitiva, creo que sí se podría construir algo bastante robusto, pero habría que definir primero qué problema queremos resolver. Una plataforma para votar una decisión interna de una comunidad es una cosa, una plataforma para decisiones políticas de un país es otra completamente distinta, aunque ambas puedan tener una pantalla con una pregunta y dos o tres botones.

Y me parece que incluso antes de implementarla habría que dar una discusión sobre cómo queremos que funcione la democracia dentro de la plataforma: quién puede proponer, quién puede votar, cómo se estructura el debate, cómo se modera, cómo se ordenan las opiniones, si se pueden delegar votos y cómo, cómo se audita el sistema y, sobre todo qué cosas deben ser verificables en lugar de simplemente confiar en ellas.