Para los iPhone, el archivo ChatStorage.SQlite sólo contiene las conversaciones actuales, en ningún caso las borradas anteriormente.
¿En el caso de iOS hay alguna manera de recuperar mensajes borrados, que no sea mediante copia de seguridad de iTunes? Parece ser que a diferencia de Android, con iOS es menos probable que te espíen el Whatsapp, o lo que es peor, que recuperen todas tus conversaciones (incluso las que has querido borrar).