los puertos no son "puertas abiertas" los puertos son simplemente numeros que se le asignan a un programa que corre y solicita poder acceder a la red, si el programa se cierra ya no hay nada que pase con ese numero

En efecto como bien dice engel lex no hay que bloquear o filtrar ningún puerto, simplemente es no ejecutar ningún servicio que no necesitemos, entonces el puerto no estará a la escucha y es como si estuviera cerrado.

Consulta el firweall de Windows para ver las excepciones de puertos abiertos que tienes y las aplicaciones que los están usando.

Por ejemplo en Windows si no tienes una red local de ordenadores, sólo tu ordenador, pues elige y desactiva la opción "compartir ficheros e impresoras".

un malware avanzado como el ransomware puede exfiltrar información incluso con rclone u otra herramienta como Mega xD, no necesita abrir puertos, se comunica con un servidor C2 para enviar cierta información y nada más.

Un malware tipo RAT de acceso remoto (RAT) casero pues si que puede necesitar comunicarse con un puerto, pero no tiene porque estar abierto o a la escucha.

Ocultar no se puede, cifrar los datos si. Por eso en empresas se recomienda instalar un IDS o sistema avanzado similar, para analizar tráfico sospechoso. Por ejemplo gran cantidad de tráfico en poco tiempo y muchas otras cosas.