Cuando dices "archivos escondidos" te refieres a carpetas escondidas con el contenido en cuestión o archivos malicosos??
Entiendo que hablamos de la primera opción, ya q de otra manera habriamos llegado a la conclusión de que usar nuestro ordenador de diario xa experimentar no es bueno.
Todos los antivirus tienen un boton de configuración. ahñi seguro que puedes indicarle que rutas no revisar.