Hay muchas formas, todo depende d elo que quieras hacer.

Mira, dale un vistazo a esto:
https://www.mozilla-hispano.org/documentacion/Firma_y_cifrado_de_correos_electr%C3%B3nicos

Si quieres cifrar el texto manualmente puedes usar rc4 y una llave privada, luego le das la llave a la persona que lo leerá y que lo descifre.

http://crypo.in.ua/tools/eng_rc4.php

Saludos.