He encontrado dos formas para solucionar tu problema sin que tengas que formatear a ver si te sirve:
Forma1:
Inicia tu pc con el disco de instalacion de windows, con esto inicia el instalador, en la primer pantalla que te muestra tienes dos opciones "presionar Enter para continuar" y "presionar la tecla R para reparar", presionas la R y esperas a que termine de cargar, te mostara una pantalla en negro con letras blancas ahi te indica las instalaciones de windows que hay actualmente (solo te mostrara una) presionas el numero 1 y despues enter, despues te pedira una contraseña de administrador (si tiene contraseña la escribes y presionas enter) si no tiene contraseña solo presionas Enter, cuando aparezca el simbolo de sistema ( C:\ xxxxx ) escribes lo siguiente "chkdsk /r" (sin comillas) y presionas enter, con esto se hara una revision completa del disco duro, al encontrar algun error este sera reparado automaticamente, al final de la revision escribes "Exit" (sin comillas) y presionas enter con esto se reinicia y si se lograron corregir todos los problemas tu equipo debera funcionar de forma normal.
Forma 2:
En caso de que con la forma 1 no se corrija el problema entonces incias de nuevo tu equipo con el cd de instalacion, ahora en la primer pantalla presionas enter para iniciar el instalador, en la siguiente pantalla te va a mostar una lista con los discos duros que tiene tu equipo y el windows instalado, aqui nuevamente hay dos opciones "Enter" para continuar y "R" para repara, selecionas R te mosntara un mensaje que dice analizando disco duro, despues un mensaje que dice "borrando archivos antiguos" (no te preocupes por eso ya que es normal) y despues te muestra un mesaje que dice "copiando archivos nuevos" al final de la copia reinicia automaticamente el equipo, y te mostrara el asistente de instalacion, solo sigue las instrucciones que te muestre (este proceso no borra tus programas, archivos y configuraciones) cuando reincie tu windows quedara como si no hubiese sucedido nada, todos tus programas estaran funcionando, todos tus archivos quedaran intactos asi como las configuraciones.