Pues podríamos hacer un script para cortarlo, sabiendo donde hay que cortar. 

En que lenguaje?

Ah okk! Que pena que no se asm.. pero que lo muevan de Scripting porque aqui puede ser Batch, VBScript, Perl, Python, etc..

Pudes hacerlo con python:

os.path.getsize

para obtener el tamaño del archivo y de ahi restar los bytes que quieres sacar, hacer un

read(n bytes)

desde el inicio del archivo hasta el resultado de la resta y escribirlo en otro archivo que seria el nuevo bin y renombrar al original como backup.
En VB6 es igual de sencillo con:

Open archivo For Binary As #numero
Get
Put
LOF(numero)
'datos como Byte, Long y demas
 

y haces el mismo procedimiento o puedes utilizar otro lenguaje mas rapido como c  o en caso de c++ podrias utilizar:

ios::binary, ios::out, ios::in

Supongo que en Vb Script tb pueda hacerse, pero voz eliges.

Te puedo dar un poco de ayuda de pasada en python:

import os
def cortar(nomOriginal, nomNuevo, tamArchivo, tamCortar):
    with open(nomOriginal, 'r+b') as file1:
        f1 = file1.read (tamArchivo-tamCortar)
        file1.close()
    with open(nomNuevo, 'w+b') as file2:
        file2.write(f1)
        file2.close()
        print("Cortado Hecho y guardado en: " + nomNuevo)
 
direc = input('Ingrese Directorio: ')
dirList = os.listdir(direc)
 
for fname in dirList:
    if(fname.upper().endswith('.JPG')):
        if(os.path.isfile(direc + fname)== True):
            if(os.path.exists(direc + fname + '.bak')== False):
                print ('Nombre de archivo: '+ fname)
                leno = os.path.getsize(direc + fname)
                print ("inciando cortado en: " + direc + fname)
                os.rename(direc + fname,direc + fname + '.bak')
                cortar(direc + fname + '.bak', direc + fname, leno, 1000)
            else:
                print ('Archivo: ' + direc + fname + ' ya fue cortado')
 

El code es solo un inicio faltan muchas cosas, pero sirve para lo que buscas al iniciar pide el directorio donde buscara los archivos con la extension especificada, en el ejemplo puse *.jpg para que se pueda ver el cambio que realiza, en:

cortar(direc + fname + '.bak', direc + fname, leno, 1000)

el numero 1000 representa cuantos bytes del final de archivo quitara y escribira en un nuevo archivo con el nombre original, antes verifica si se trata de un archivo y si existe o no un archivo *.bak con su nombre, de ser asi no lo procesa porque lo toma como un archivo ya "cortado". Pruebalo en unas imagenes JPG que tengan un tamaño superior al numero que especifiques en "cortar" y veras los cambios al ejecutarlo, luego puedes utilizarlo para los *.bin que mencionas, tb seria que leas acerca de python un buen manual y asi completas lo que falta, las excepciones, depuracion de errores y demas, ademas de crear un buscador de archivos para que no tengas que especificar la ruta, eso lo haces con pocas lineas.
Necesitas python 3 para correrlo.