¡Buenas!

Si abres los ficheros en modo texto te puede suceder lo que cuentas. En este caso lo que tienes que hacer es abrirlo en binario y cargar el fichero en un vector dinamico de caracteres y realizar la busqueda sobre dicho vector. Estas dos funciones te ayudaran:

unsigned long flen(FILE *f)
{
    unsigned long pos, len;
 
    pos = ftell(f);
    fseek(f , 0 , SEEK_END);
    len = ftell(f);
    fseek(f , pos , SEEK_SET);
 
    return len;
}
 
int cargar_fichero(FILE *f, char **contenido, unsigned logn *nbytes)
{
   if(!(*contenido = (char*) malloc((*nbytes = flen(f)) * sizeof(char))))
        return 0;
 
    return fread(*contenido , (*nbytes) * sizeof(char) , 1 , f);
}
 

Ahora podras realizar las busquedas sobre el contenido del vector. Pero aunque modifiques el vector para terminar en '\0' no te aconsejo usar las funciones de manejo de cadenas, ya que tambien podria haber caracteres nulos antes del final del fichero. Puedes utilizar las de manejo de memoria con cuidado de no sobrepasar los limites del fichero...

¡Saludos!

Llevo toda la tarde intentándolo hacer funcionar, pero por algún motivo el fread parece que no funciona, porque ft no tiene el inicio del texto del archivo...
He probado todo lo que se me ha ocurrido y no he conseguido nada...fread devuelve que ha leido el número de caracteres correcto, pero luego nada, no están los caracteres que deberían estar...

Pongo aquí el código que tengo hecho (es posible que esté un poco guarrete de tanto poner printf's)...

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
 
int buscar(char * ft, char * cadena, unsigned long * bytes);
unsigned long flen(FILE *f);
int cargar_fichero(FILE *f, char *contenido, unsigned long *nbytes);
 
int main (int argc, char* argv[]){
    int i;
    FILE * fp;
    char * ft;
    int a;
    unsigned long bytes;
    char data[] = {0x0D, 0x0C, 0x0D, 0x0D, 0x03, 0x0D, 0x0D, 0x04, 0x0D, 0x0D, 0x03, 0x0D, 0x0D, 0x04, 0x0D, 0x0D, 0x00};
    for(i=1; i < argc; ++i){
        fp = fopen(argv[i], "rb");
        if(fp != NULL){
            if((a=cargar_fichero(fp, ft, &bytes)) == 0)
            	return -1;
 
            if(buscar(ft, "footnotes.xml", &bytes) == 0)
                printf("%s\n", argv[i]);
            else{
                printf("\n");
                fseek ( fp , 0 , SEEK_SET ); //Devolvemos puntero al inicio
                if(buscar(ft, data, &bytes) == 0)
                    printf("%s\n", argv[i]);
            }
            return 0;
            fclose(fp);
 
        }else
            printf("No se ha podido abrir el archivo %s", argv[i]);
 
    }
    return 0;
}
/*
    Busca en el archivo la cadena indicada (imitiendo el \0)
*/
int buscar(char * ft, char * cadena, unsigned long * bytes){
 
    int longi = strlen(cadena);
    if(longi < 1)
        return -2;
    int i=0;
    int k=0;
    while(i < *bytes){printf("Va bien con c=%x, k=%d\n", ft[i], k);
        if(ft[i] == cadena[k]){
            k++;
            while(k < longi && ++i < *bytes && ft[i] == cadena[k])
                k++;
            if(k == longi)
                return 0;
            else if(i >= *bytes){
                return -1;
            }else{
                k=0;
            }
        }else
        	++i;
 
    }
    return -1;
 
}
 
unsigned long flen(FILE *f){
    unsigned long pos, len;
 
    pos = ftell(f);
    fseek(f , 0 , SEEK_END);
    len = ftell(f);
    fseek(f , pos , SEEK_SET);
 
    return len;
}
 
int cargar_fichero(FILE *f, char *contenido, unsigned long *nbytes){
     if((contenido = (char*) malloc((*nbytes = flen(f)) * sizeof(char))) == NULL)
        return 0;
 
 
    return fread(contenido , sizeof(char) , (*nbytes/sizeof(char)) , f);
}

Jeje, esta tarde me he dado cuenta de eso...a partir de ahora seguiré la máxima de no tocarás código ajeno  
He conseguido echar a andar el código pero he tenido que poner todo el código de la función cargar_fichero en el main porque no consigo llamar correctamente a la función...
La verdad es que todavía estoy intentando terminar de entender los punteros...
Yo a tu función cargar fichero la llamo más o menos así:

FILE * fp = fopen(argv[i], "rb");
char ** contenido;
unsigned long bytes;
cargar_fichero(f, contenido, &bytes);

y después a buscar le paso

buscar(*ft, cadena, &bytes)

¿Qué es lo que estoy haciendo mal con los punteros?, porque me daba un fallo de segmentación creo que en el malloc...por eso he puesto el código de la función en el main y en vez de crear contenido como un char ** lo he creado como un char * y así si que he conseguido que funcionase...

Muchas gracias por la ayuda!

¡Buenas!

Por cierto, me he dado cuenta de un gran error en cargar_fichero, antes de leer no sabemos en que posicion se encuentra. Lo correcto seria:

 
int cargar_fichero(FILE *f, char **contenido, unsigned logn *nbytes)
{
    unsigned long posicion;
    int retorno;    
 
    if(!(*contenido = (char*) malloc((*nbytes = flen(f)) * sizeof(char))))
        return 0;
 
    posicion = ftell(f);
    fseek(f , 0 , SEEK_SET);
 
    retorno = fread(*contenido , (*nbytes) * sizeof(char) , 1 , f);
 
    fseek(f , posicion , SEEK_SET);
 
    return retorno;
}
 

¡Saludos!