Sencillo.
Lee el 1º archivo desde un bucle For linea por linea, y en ese proceso intercalas otro for que solo lea la linea de la que se trate del 2º archivo, es decir necesitas un contador, los datos los ordenas en una variable a tu gusto, y esta la vas guardando en otro archivo.
Si un archivo es mas corto que otro, planteate si te interesa seguir cargando uno de los dos y...

Te hice una version algo chapucera espero que te sirva xD

#!/bin/bash
cont=1
for i in `cat fichero1`
do 
      var=`nl fichero2 | grep $cont | awk '{print $2}'`
      echo $i":"$var
      let cont=cont+1
done