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Mi situacion es la siguiente:

Tengo el fichero1 con el siguiente contenido por ejemplo

y el fichero2 con el siguiente

Lo que quiero hacer es generar un fichero que quede tal que así:

Alguna idea?

Sencillo.
Lee el 1º archivo desde un bucle For linea por linea, y en ese proceso intercalas otro for que solo lea la linea de la que se trate del 2º archivo, es decir necesitas un contador, los datos los ordenas en una variable a tu gusto, y esta la vas guardando en otro archivo.
Si un archivo es mas corto que otro, planteate si te interesa seguir cargando uno de los dos y...

¿Te refieres a Bash?

Te hice una version algo chapucera espero que te sirva xD

#!/bin/bash
cont=1
for i in `cat fichero1`
do 
      var=`nl fichero2 | grep $cont | awk '{print $2}'`
      echo $i":"$var
      let cont=cont+1
done