supongo que no te referís a la propia ventana que crea tkinter. Si está en blanco es porque no la has declarado ni puesto nada en ella, o sea aunque tengas ese solo código se crea una ventana aparte del mensaje.
edito:
por las dudas sea lo que te digo te paso un ejemplo de una forma de hacer lo que decís:
#-*- coding: utf-8 -*-
from tkinter import *
from tkinter import messagebox
ventana = Tk()
ventana.title("primera ventana")
def ocultar(ventana):
ventana.withdraw() # Oculta una ventana
messagebox.showinfo("¡Atención!","Oculté la ventana")
ocultar(ventana)
ventana.mainloop()