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Hola buenas tardes a todos, estoy usando el módulo tkinter (python 3.4), para generar un messagebox  pero cuando lo ejecuto me muestra una segunda ventana en blanco. Si alguien me puede ayudar.

supongo que no te referís a la propia ventana que crea tkinter. Si está en blanco es porque no la has declarado ni puesto nada en ella, o sea aunque tengas ese solo código se crea una ventana aparte del mensaje.

edito:
por las dudas sea lo que te digo te paso un ejemplo de una forma de hacer lo que decís:

#-*- coding: utf-8 -*-
from tkinter import *
from tkinter import messagebox
 
ventana = Tk()
ventana.title("primera ventana")
 
def ocultar(ventana):
    ventana.withdraw() # Oculta una ventana
    messagebox.showinfo("¡Atención!","Oculté la ventana")
 
ocultar(ventana)
ventana.mainloop()