Si corazon los scripts de perl, terminan en extension .pl.

En los scripts de Linux, debes indicar al inicio de linea cual sera el interprete a usar para ejecutar dicho script, en el caso de perl pues :

#!/usr/bin/perl

Aunque si te preocupa la portabilidad (Suponte que quieres correr el mismo script pero en Windows). Puedes obviar esta linea ya que en Windows no se usa.

sobre cual de todos los 'perls' usar... Pues simple, necesitas el interprete que siempre sera un ejecutable, los ejecutables en Linux suelen guardarse en :

/usr/bin
/bin
/usr/local/bin

En el caso de perl, siendo que la mayoria de distros ya lo traen, por lo general casi siempre esta ubicado en /usr/bin   pero en caso de que tu bajes el codigo fuente de perl y lo compiles, al menos que le indiques una ruta a la hora de compilar, por defecto se instalaria en /usr/local/bin.

Necesitas indicar la ubicacion del interprete ejecutable, que siempre estara dentro de una carpeta bin, no puedes indicarle un archivo de configuracion u otra cosa, que es lo que encontramos en /etc/perl.

Donde debes guardar tu script perl creado? donde gustes... o donde sea, ya sea en tu /home la ubicacion donde guardes el script no tiene importancia, lo importante es que en la cabecera pongas la ubicacion correcta del interprete perl.

Para ejecutar los scripts de perl, sencillamente haces :

bash$ perl script.pl

O le das permisos de ejecucion al scriptcito

bash$ chmod +x script.pl

Y lo ejecutas :

bash$  ./script.pl