La verdad es que ahcerlo de esa manera me genera bastantes problemas.. no hay manera de poder hacerlo directamente en bat.

Algo asi como decia Novlucker

programa.ese dato1 dato2 dato3

o

programa.exe leer datos.txt

he estado buscando por todos lados y parece imposible

Una duda:
tu ejecutable es de ms-dos o es un ejecutable de win32 que se ejecuta en consola.
Podrías abrirlo con el notepad y buscar si dice:
o
si así es pienso que podría ayudarte.