Buenas

Si la instrucción que estás utilizando es algo parecido a esto:

Entonces el problema se debe a que la aplicación espera un proceso como argumento y la aplicación interpreta "dir" como si fuera un proceso, pero obviamente no lo es, así que debes especificar el proceso CMD.exe y pasarle los argumentos a dicho proceso, por ejemplo:
En ciertas circunstancias (al usar caracteres reservados, por ejemplo al concatenar comandos) también deberás asegurarte de encerrar los argumentos pasados al proceso CMD.exe:

Pero, según parece creo que primero debes activar la siguiente opción:

⇲ Fuente:
Execute remote command? - freeSSHd and freeFTPd

⇲ Otras posibles soluciones:
Google

Saludos