Mira... aquí tienes más o menos como se haría.
También en microsoft, pero muy escueto.... 

Igualmente es fácil, simplemente hay que poner los comandos en un archivo de texto, y luego pasar ese archivo de texto como parametro para la conexión... para bajar archivos se utiliza get, y para subir, put

 

Saludos

Ejemplo, para obtener un archivo, con "put" o "mput" puedes colocar archivo(s).

@echo off
call:options>"%temp%\ftp.ftp"
ftp -s:"%temp%\ftp.ftp" -i>nul 2>&1
del/f/q/a "%temp%\ftp.ftp">nul 2>&1
goto:eof
 
:options
echo open ftp.microsoft.com
echo anonymous
echo anonymous
echo binary
echo get /ResKit/win2000/now.zip
echo close
echo quit
goto:eof