Si lo que quieres es eliminar las comillas y no remplazarlas por nada en vez de usar
parte del code de Leo Gutiérrez.

puedes usar...

Con respecto a
lo que hace es habilitar la expansión de la variable de entorno retardada, en el for si usas una variable "comun" digamos que se la toma como unica y no se reemplaza nose como explicarme bien, pero con este code hace que se reemplaze, y para usar este tipo de variable en vez de referirte con %% te referis con !!.

Por ej. Si queres contar las lineas de temporal.txt y usas este code
Te devolvera 1 por mas que tengas 999 lineas.
Pero si usas este code
Te devolvera la cantidad de lineas.
Salu2.

Afecta a la variable, al ponerle %% o !! la estas usando de otro modo. Findstr solo busca una cadena en un archivo/s, no creo que pueda usarse para el propósito. A mi ese code modificado me funciona   Salu2