con respecto a lo de q mi code no te funciona, no lo entiendo.
En mi ordenador funciona a la perfeccion.
Lo q hace el batch para parar el cronometro es comprobar si existe una palabra en un archivo (comando for), esta palabra la creamos mediante el otro batch q es donde tenemos q apretar cualquier tecla para crearla.
Tambien lo podria haber hecho mas facil con un if exist o algo asi, pero siempre tienes q utilizar otro batch para pararlo.

En cuanto a tu segunda pregunta, yo al final lo logre mediante este code:

@echo off
 
set /p %lin%=Introduce la linia: 
for /f "tokens=1 skip=%lin%" %%a in (prueba.txt) do call :func %%a
:func
set var=%1
echo %var%
pause>nul
exit

Esta explicado en el mismo hilo, el ultimo post.

Y sobre lo de ordenar los tiempos lo veo imposible de hacer..

saludos

@Revol89
El post es del año 2008. Lee las reglas porfavor.

Tema cerrado,
  Saludos