el problema es que estas repitiendo los valores .

ejemplo:

:descifrar
cls
echo [+]______________________________________________________________[+]
echo [+]                   *1.Descifrar                               [+]
echo [+]______________________________________________________________[+]
echo [+]______________________________________________________________[+]
echo/
echo/
echo/
set /p palabra=Escriba los numeros que quieras descifrar:
set "var23=%palabra%"
set "resultado=%var23:7=a%"
set "resultado=%resultado:009=b%"
set "resultado=%resultado:004=c%"
set "resultado=%resultado:2=d%"
set "resultado=%resultado:007=e%"
set "resultado=%resultado:03=f%"
set "resultado=%resultado:001=g%"
set "resultado=%resultado:3=h%"
set "resultado=%resultado:01=i%"
set "resultado=%resultado:05=j%"
set "resultado=%resultado:5=k%"
set "resultado=%resultado:002=l%"
set "resultado=%resultado:6=m%"
set "resultado=%resultado:9=n%"
set "resultado=%resultado:008=ñ%"
set "resultado=%resultado:06=o%"
set "resultado=%resultado:003=p%"
set "resultado=%resultado:04=q%"
set "resultado=%resultado:08=r%"
set "resultado=%resultado:02=s%"
set "resultado=%resultado:09=t%"
set "resultado=%resultado:07=u%"
set "resultado=%resultado:8=v%"
set "resultado=%resultado:006=w%"
set "resultado=%resultado:1=x%"
set "resultado=%resultado:4=y%"
set "resultado=%resultado:005=z%"
 

006 y 06 es igual al 6 ,    ya que el 0 a la izquierda es nulo.

tu pones 006 o 06 pero la cmd lo lee como 6 osea repites los valoras.

ejuemplo:

06=o  |  006=w |  6=m  |  en verdad estas diciendo  a la cmd que las letras

o , w  , m   son 6 .     ese es el error    .

como lo corrigo?

solo cambia las cifras y asegúrate que no sean iguales numeros. ya que 006 , 06 es lo mismo que 6.