Si usas archivos adjuntos al EXE creado, algunas versiones del programa extraen estos archivos al directorio en que es ejecutado. Esto es demasiado ruidoso y alguna vez puede darte problemas.
Yo tengo la versión 2.1.6.0, y esta versión extrae los archivos en "%userprofile%\Configuración local\Datos de programa", cuando se termina el programa estos archivos son borrados. Y si quisieras copiar algun adjunto a otra ruta lo podrias hacer desde la variable de entorno %MYFILES% que crea QBFC.
Si el troyano lo has echo tu deberia comprobar cada vez que se ejecuta si ya esta instalado para decidir que hacer después.
PD: Por experiencia propia las aplicaciones que se quedan funcionando en segundo plano (con bucles), al apagar el sistema pueden devolver un error, no afectan al programa pero alertan al usuario. (mejor hacer pruebas)
Suerte