Hola a todos! A partir de este post:
https://foro.elhacker.net/scripting/esteganografia_eof_batch-t494405.0.html

Gracias a la ayuda de yuimugi912 con el comando certutil, pude hacer lo siguiente:

Un script en Batch, que cifra y oculta archivos por lineas de comando. Son más de 500 lineas de código.

Método, lo que hace:

• Procesa el código hexadecimal del archivo a ocultar. Y por medio del cifrado Vigenère, lo cifra.
• Luego, lo divide y anexa al final del código de otros archivos, ocultándolo.
• No afecta ninguno de los archivos originales, sino que produce unos nuevos, en concreto: Los archivos con el código oculto y un archivo.log cifrado (necesario para reconstruir el archivo original)
• El proceso de descifrado se realiza con el nombre del .log y la contraseña.

Beneficios respecto a otros ofuscadores de archivos (en Batch obivamente):

• Es independiente, no requiere de programas adicionales del sistema.
• No almacena la contraseña utilizada, así que para un uso casero, el cifrado es efectivo.
• Contrario a otros métodos esteganograficos de Batch, permite añadir los datos de un archivo en varios.
• También permite ocultar archivos de texto, al encriptarse y añadirse, son ilegibles.

A tomar en cuenta:

• Recomiendo que los archivos sean pequeños, menores a 10 MB. Tanto el que se oculta como los que se usan para ocultar el archivo.
• El limite de procesamiento es de 30 MB.
• Como es Batch, no es potente, así que por eso incluyo estas limitaciones, si se introdujera un archivo cercano a los 30 MB, el script tardaría día y medio o dos días en completar el trabajo, porque el código en hex, se triplica de peso.
• No permite archivos con espacios en el nombre, solo no quise hacer el filtro al respecto, me parecía excesivo.
• Todos los archivos, el archivo a ocultar y los archivos donde ocultar deben estar en la misma carpeta del script.

Código completo: https://pastebin.com/zCTEmQPX

La ayuda incluida en el script:

echo.
echo STEGANOF: Script esteganografico. Ejecutese dentro de la carpeta con los archivos.
echo Sintaxis:
echo.
echo '-e' Permite cifrar y ocultar el archivo en otros archivos, con una contraseña.
echo Genera un archivo .log con el cual se puede recuperar el archivo oculto.
echo.
echo    STEG -e ARCHIVO_A_OCULTAR.ext CONTRASEÑA ARCHIVO2.ext ARCHIVO3.ext ARCHIVO4.ext
echo.
echo '-d' Permite extraer y descifrar el archivo.
echo.
echo    STEG -d ARCHIVO.log CONTRASEÑA NOMBRE_DE_ARCHIVO_OCULTO.ext
echo.
echo '-t' Testea los archivos, para ver si el script puede funcionar en ellos.
echo En caso de hallar algun archivo no compatible lo notifica. Si todos los
echo archivos son compatibles el mensaje es nulo.
echo.
echo    STEG -t ARCHIVO_A_OCULTAR.ext ARCHIVO2.ext ARCHIVO3.ext ARCHIVO4.ext
echo.
echo El limite del Script esta cerca de los 30 MB.
echo La velocidad varía alrededor de los 1 KB por cada 1,5 segundos. Por ello:
echo Se advierte y recomienda el uso en archivos menores a 10 MB.
echo.

Espero sea de utilidad!