if exist %windir%\ndstool.exe AND %windir%\ndstool\arm7.bin ( goto repair )
if NOT exist %windir%\ndstool.exe AND %windir%\ndstool\arm7.bin ( goto setup )
if exist "%windir%\ndstool.exe" (if exist "%windir%\ndstool\arm7.bin" (goto repair))
goto setup
::para que volver a evaluar la negación??, si la evaluación de la primera linea es verdadera, con el goto salta a otra etiqueta (y evita la de abajo). La instrucción (en caso falso, por lógica está en la linea de abajo). Lo escribi así porque en ambas evaluaciones son los mismo archivos.
::Probablemente te dirige a setup, porque la palabra AND no indica nada, entonces si le sacas el @echo off, probablemente verás que dice AND no se reconoce como un comando interno o externo...
También asegurate que después de cada goto saltes a otra linea, si lo necesitas, porque sino continuará hasta abajo.