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Que está mal aquí?
if exist %windir%\ndstool.exe AND %windir%\ndstool\arm7.bin ( goto repair )
if NOT exist %windir%\ndstool.exe AND %windir%\ndstool\arm7.bin ( goto setup )
Siempre se me redirige hacia setup y los archivos estan bien puestos!

... AND ??????
 

        los operadores logicos mas usados en batch son:

    Salu2

Entonces como lo arreglo?

::para que volver a evaluar la negación??, si la evaluación de la primera linea es verdadera, con el goto salta a otra etiqueta (y evita la de abajo). La instrucción (en caso falso, por lógica está en la linea de abajo). Lo escribi así porque en ambas evaluaciones son los mismo archivos.

::Probablemente te dirige a setup, porque la palabra AND no indica nada, entonces si le sacas el @echo off, probablemente verás que dice AND no se reconoce como un comando interno o externo...
También asegurate que después de cada goto saltes a otra linea, si lo necesitas, porque sino continuará hasta abajo.

puedes utilizar if:

if condicion1 if condicion2 if condicionN (
codigo
)

El operador AND está implicito, no lo puedes escribir de forma arbitraria.

Simplemente debes concatenar condicionales If como ya te ha mostrado el usuario @mipinguino, ese es el equivalente a AND.

Saludos.