if exist "%userprofile%\Escritorio" (set "ruta=%userprofile\Escritorio") else (
    if exist "%userprofile%\Desktop" (set "ruta=%userprofile%\Desktop")
)
 

Me refería a algo así

Correctísimo.

EL código es demasiado extenso. Lo primero, no ponags un salto de líena entre cda comando:

echo.

echo.

Pon directamente

echo.
echo.

Y en lugar de poner una línea de comandos para cada tipo de archivo (que hay miles), pon un bucle que vaya probando combinaciones de tres letras

aaa, aab, aac, hasta zzz.

Defines la variable de for (las tres letras) como el nombre de la variable que usarás para poner nombre a la carpet,a te ahorrarás muchas líneas, pero para no crear 20 mil carpetas, usa if exist, para que solo cree las carpetas si hay archivos con dicha extensión.

No, creo que el que no se ah explicado he sido yo.


Podrías hacer algo como:

"siguiente combinación: PDF"

Si hay archivos .PDF

Crear carpeta   "PDF"

Copiar archivos ".PDF" a carpeta "PDF".

Y si no hay  archivos PDF, siguiente combinación. Algo así.

No me apetece pensar demasiado pero sería algo como crear un archivo TXT con las 25 letras básicas del alfabeto occidental y que for probase con una cada vez.

A A A
A A B
A A C
...
A B A
A B B
........
Z Z Z

y con eso pones

If exist *.%a (
MD %a
Copy *.%a %homedrive%/Docume~1/%Username%/Escritorio/%a
)

Algo así.

Exacto Pablomi, aunque no es mala idea FerJGS.
De todas formas creo que es mas humano decir a una carpeta "Archivos de texto" que "RTF" y menos engorroso, si no tendrías una carpeta por cada extensión.