mmn Tal vez este post te sirva:
http://foro.elhacker.net/scripting/script_batch_para_infeccion_a_traves_de_unidades_extraibles-t250133.0.html

fsutil necesita derechos administrativos, solo es necesario el comando "fsutil fsinfo drives"; me parece mejor que hagas un "escaneo" de las unidades sin usb(por ejemplo el equipo sin usb escanea C: y D:), tambien que sepa si se ejecuta de una usb o de una unidad.

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Otro link con mas informacion
http://foro.elhacker.net/scripting/seleccionar_unidad_y_ejecutar_comando-t332007.0.html

gracias por tomarse la molestia muchachos, investigando y probando mi script va asi:
Para finalizar, como hago para ocultar ese archivo dentro de una carpeta de la unidad extraible y como creo un acceso directo en el mismo?
Ademas me gustaria que se abra con el autorun.inf

Un autorun.inf para un pendrive es algo del pasado, obsoleto,
si van a utilizar Windows 7/8 es imposible ejecutar un autorun.inf porque Microsoft lo deshabilitó para dispositivos USB por medidas obvias de seguridad (A menos que usen un buen pendrive "camaleón" que se haga pasar por CD-ROM).

EDITO: Para WinXP no hay problema (Siempre que el servicio de reproducción automática esté activado en el equipo)

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REM Ocultar un archivo:
Copy "Archivo.ext" "...\Carpeta\"
Attrib +H "...\Carpeta\Archivo.ext"

REM Crear un acceso directo:
(
 Echo: set objWSHShell = CreateObject("WScript.Shell"^)
 Echo: set objFso      = CreateObject("Scripting.FileSystemObject"^)
 Echo+
 Echo: File         = objFso.GetAbsolutePathName(WScript.Arguments.Item(0^)^)
 Echo: S_File       = objWSHShell.ExpandEnvironmentStrings(WScript.Arguments.Item(1^)^)
 Echo: S_WorkingDir = Left(File, InStrRev(File, "\"^) - 1^)
 Echo+
 Echo: set Shortcut = objWSHShell.CreateShortcut(S_File^) 
 Echo+ 
 Echo: Shortcut.TargetPath       = File
 Echo: Shortcut.WorkingDirectory = S_WorkingDir
 Echo: Shortcut.Save
)>"%TEMP%\Create_Shortcut.vbs"
 
WScript "%TEMP%\Create_Shortcut.vbs" "Archivo.txt" "C:\Archivo.lnk"

Saludos.

REG ADD "HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer" /V "NoDriveTypeAutoRun" /T "REG_DWORD" /D "0x00000091" /F 

http://www.askvg.com/how-to-disable-autorun-functionality-in-windows-using-registry-editor/

El servicio de reproducción automática no recuerdo cual es, lo tengo capado en mi windows, búscalo en la lista de servicios de windows (Botón inicio > ejecutar > Services.smc) y luego es tán sencillo como hacer un:

SC START "Nombre del servicio"

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De ninguna manera, el autorun era lo único, pero como he explicado es algo obsoleto, deshabilitado en pendrives por medidas de seguridad.

PD: Si le pones ganas puedes programar una aplicación que monitorice las uniades extraíbles y ejecutar el programa deseado, pero obviamente deberás ejecutar tu aplicación programada manualmente.

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Arriba te puse un archivo bat que sirve para eso.
Llámalo cono en el ejemplo:

WScript "%TEMP%\Create_Shortcut.vbs" "Archivo.ext" "C:\Archivo.lnk"

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No puedes proteger con contraseña nada usando Batch, lo único que puedes hacer es una chapuza como esto > http://www.howtogeek.com/105633/how-to-create-a-password-protected-folder-without-any-extra-software/

cls
@ECHO OFF
title Folder Private
if EXIST "HTG Locker" goto UNLOCK
if NOT EXIST Private goto MDLOCKER
:CONFIRM
echo Are you sure you want to lock the folder(Y/N)
set/p "cho=>"
if %cho%==Y goto LOCK
if %cho%==y goto LOCK
if %cho%==n goto END
if %cho%==N goto END
echo Invalid choice.
goto CONFIRM
:LOCK
ren Private "HTG Locker"
attrib +h +s "HTG Locker"
echo Folder locked
goto End
:UNLOCK
echo Enter password to unlock folder
set/p "pass=>"
if NOT %pass%== PASSWORD_GOES_HERE goto FAIL
attrib -h -s "HTG Locker"
ren "HTG Locker" Private
echo Folder Unlocked successfully
goto End
:FAIL
echo Invalid password
goto end
:MDLOCKER
md Private
echo Private created successfully
goto End
:End

Saludos