ricki74, lo primero que tienes que saber, es que en esto de la informatica, todo se puede xD

Ahora hay veces que es muy complicado, como el hecho de que algunas carpetas del sistema no te deja copiarlas porque si, por lo que para empezar tendras que comprobar si esa carpeta te deja copiarla de normal y sino buscar el metodo.

Saludos...

Si el bat lo quieres ejecutar en el pc local y no desde el pen (Ejecutar el bat cuando alguien introduzca un pen en TÚ PC), Se puede sin problemas. (Aunque supongo que estas no son tus intenciones...)

Si el bat lo quieres ejecutar desde el pendrive (Al introducir el pen en cualquier PC) este JAMÁS podrá ejecutarse a menos que el usuario tenga activado el autopley de los dispositivos multimedia, Es un servicio de Windows, Cualquier usuario puede activarlo/desactivarlo fácilmente desde la lista de servicios de Windows, E incluso desde muchos (O todos, no lo sé) antivirus, Así que las personas que los tengan activado pues.. Si, podrás ejecutar tu bat, Pero en el resto NO.
No busques alternativa.

PD:   No, No puedes activar por arte de magia el autoplay de los USB al introducir tu pen.
PD2: No, Tampoco puedes ejecutar el bat por arte de magía si la primera condición no se cumple.
PD3: El autorun.ini no es un virus, Es un archivo de lo más normal para predeterminar aspectos gráficos/visuales y procesos autoejecutables del dispositivo multimedia en el que se encuentra.

Saludos