¿y cuales son las condiciones para relacionar los dos 3453?, no parece que se basen en el orden de las lineas, por lo tanto... ¿se pueden relacionar realmente?, si formulas una pregunta sobre programación, intenta dar dellates específicos del problema que tnegas, y sobre todo de lo que estás intnetando hacer y cual debería ser el resultado de ejecución.

Puedes empezar por un ejemplo cómo este, al que habría que añadirle las modificaciones que veas necesarias para poder relacionar correctamente los 3453:

@Echo OFF
 
Set "fileA=1.txt"
Set "fileB=2.txt"
 
For /F "Tokens=1,* Delims=," %%a In ('Type "%fileA%" ^| Sort') Do (
	Call :InnerLoop
)
 
Pause&Exit /B 0
 
:InnerLoop
For /F "Tokens=1,* Delims=," %%A In ('Type "%fileB%" ^| Sort') Do (
	If "%%~a" EQU "%%~A" (
		Echo %%~a,%%~b,%%~B
		Exit /B 0 :: Break.
	)
)

De todas formas, por lo que puedes ver, Batch es el lenguaje más ineficiente para ese tipo de tareas.
PD: Ten cuidado con la recursividad.

Saludos!

No pasa nada, pero menos mal que era un error, ya me parecía a mi una tarea imposible xD.

Sabiendo eso, entonces el código que te mostré en el comentario de arriba si que debe producir el resultado de ejecución que deseas.

Bueno en realidad no del todo, si el orden de las lineas importa entonces simplemente elimina lo siguiente que he tachado: 'Type "%fileX%" ^| Sort', en ambos FOR.

Saludos!