No podés hacer que el bat se ejecute X tiempo después de haber sido ejecutado ("doble clickeado"). Vos lo que debés estar diciendo es que se ejecuten X comandos a determinado tiempo. Con AT se puede, poné AT /? en el CMD. Pero no es que el bat va a quedar oculto hasta esa hora eh ni nada por el estilo.... La ayuda la tenés en el CMD

help AT
AT /?


 Saludos.

ps mi idea era agregarlo al registro y ejecutarlo cada cierto tiempo, no si si estoy mal pero asi lo vi en un tutorial de batch