no entiendo mucho lo que quieres decir puedes poner alguna imagen o algo?

EDITO: Yo tampoco lo entiendo muy bien xD, espero que no estés preguntando que comando se utiliza para ejecutar un archivo en Batch...  


Prueba esto:

Echo "Start /W programa.exe" | Tu_programa.exe

Pero si no me equivoco ¿el executable lo has programado tu? ¿y no sería mejor pasarle el argumento directamente a esa ventana?

Me explico:
En el source, en vez de abrir la instancia de la CMD y ya, abrirla y pasarle unos argumentos... como por ejemplo:

?

un saludo

Creo que ahora si que no me equivoco si digo que la CMD la ejecutas desde un VBS que me enseñaste, ¿no?
Entonces, si el programa que quieres abrir en esa CMD con privilegios siempre va a ser el mismo, puedes abrir la CMD desde el vbs enviandole un argumento, lo que te decia que hicieras en el source, pero hacerlo en el VBS:

Set objShell = WScript.CreateObject ("WScript.shell")
objShell.run "cmd /K Start /B DIR"

PD: Es que es imposible hacerlo con Batch, no puedes comparar que ventana es por el PID, ni por el nombre del proceso ya que son exactamente igual (CMD.exe), ni tampoco puedes enviar pulsaciones del teclado como haces en el VBS...

saludos