Hola que tal, en la empresa donde trabajo tenemos una red clase C
Pero mas adelante tendremos que escalar a red clase B porque serán mas de 254 PCs
Suponiendo que la configuración de una red clase B seria así:

Puerta de enlace: 172.16.0.1
Mascara: 255.255.0.0

todo es una sola red, sin sub redes

Entonces mi gran duda es; ¿El router podría asignar las 65.534  IPs de forma automática? o habría que realizar alguna configuración adicional, tomando en cuenta de que ahora cambiaran los últimos dos octetos y no solo el ultimo  

Caro, la red tiene que contar con switches, pero entonces como le hago para repartir mas de 254 IPs?? 

Depende de donde quieras hacerlo, o bien en Linux o en Windows, si es un Windows, te recomiendo que utilices Windows Server, y con Active Directory implantas el DHCP y después lo configuras a tu gusto, si usas Linux, por ejemplo Ubuntu, pon 'dhcp' en Synaptic y bajate los ficheros oportunos y después configuras los parámetros de tu DHCP en: etc/dhcp/dhcpd.conf

Espero haberte sido de ayuda, de todos modos si buscas algo por Google seguro que encuentras información.