Poniendo en claro:

Tenes un server windows (windows server r2 estandard business)
La RED1 tiene 167 PCs ?
La otra red (RED2?) utilizan un server virtualizado (clearOS) y tiene 103 PCs?
Que hardware tienen tus servidores? son PCs o son servers?
Que velocidad soportan las placas de red? y que velocidad estan configuradas?
Los switch que capacidades tienen? son administrables? tenes colisiones?

Estas preguntas pueden ayudarte a ver cual es el cuello de botella.
Compartinos tus respuestas y quizas podremos analizar mas.

Saludos

Bien,
Las colisiones son "choques" de paquetes, es decir, cuando dos pcs quieren transmitir al mismo tiempo.
Esto se daba mucho en las redes token ring y en las half duplex, pero hoy en dia en general no debería haber
muchas colisiones en una red bien configurada.
De todos modos es un punto a chequear, he aquí un pequeño manual de troubleshooting sobre colisiones en switches cisco:
http://www.cisco.com/en/US/products/hw/modules/ps2033/products_tech_note09186a008009446d.shtml

Por otro lado revisaria:
 - El uso de memoria de los servidores ( es decir, cuanta memoria libre tienen en su normal funcionamiento )
 - El uso de procesador de los servidores
 - El tráfico real (es decir el que se dá mas abundantemente) con un sniffer (Wireshark por ejemplo)
 - Busca dentro del tráfico real paquetes de broadcast innecesarios y cuando sea posible eliminalos o reducilos. aunque en general son de poco peso
   en una red grande, sin separaciones de dominios de colisión puede ser un problema.
 - La velocidad que tienen las placas de red.
      Esto es importante. Si tenes una red donde las placas andan a 10mbps no vas a poder tener más velocidad que eso.
      Pensá que cuando conectas una pc con una placa de 10mbps a un switch, el puerto del switch anda a 10mbps.
      Por lo que podés estar teniendo un cuello de botella ahí.
Busca estos cuellos de botella comenzando de la raíz del arbol, es decir, donde se concentra todo el tráfico hacia las hojas.

Quizas armarte un gráfico de la red y anotar las distintas configuraciones y problemas te va a ayudar.


Cuando tengas mas tiempo podemos ir analizando punto por punto.
saludos