Obvio, porque lo que en realidad estás sumando son listas,

[1, 2, 3]
[2, 12, 6]
[1, 0, -3]
[10, -1, 0]

es decir, estás sumando de la siguiente manera,

[1, 2, 3] + [2, 12, 6] + [1, 0, -3] + [10, -1, 0]

podrías hacer algo como esto,

A = [[1, 2,  3], [2, 12, 6], [1, 0, -3], [10, -1, 0]]
 
sumatorio = 0
 
for i in A:
	for j in i:
		sumatorio += j
print sumatorio

Nop, esta mal... estas sumando todos los elementos de la matriz y segun el enunciado necesitas ver si la suma de alguna fila es igual a la suma de alguna columna.

Edito:

creo que lo que te piden es algo asi:

a=[]
b=[]
c,d=0,0
M=[[13,4,2],[4,34,5],[2,56,3]]
 
for i in M:#Filas
    for j in i:
        c+=j
    a.append(c)
    c=0
 
for j in range(0,3): #Columnas
        for k in range(0,3):
            d+=M[k][j]
        b.append(d)
        d=0
 
for i in a:#Comprobacion
    for j in b:
        if i==j:
            print "Es una Matriz Prima."
            exit(0)
print "No es una Matriz Prima"