si te refieres a modificar el exe, no solo a inyeccion, pues el firewall le avisara que el archivo ha cambiado y pedira confirmacion para darle permiso 

A¥åHøRå pero ...bueno si vale...para lo que quieres no no serviria pero fijate como dice chewaca " el firewall pedira paso diciendo que la aplicacion ha cambiado" cierto..pero con muchos admins, podrias jugar con eso , osea..para el que se entera...vale..te calaria, desconfiaria, pero el que no sabe tanto...daria paso lo mas seguro..pues para el es: "su messenger"...su word..etc slau2.

Si te inyectas en el programa (se entiende en disco en su binario) el firewall te avisará de que el archivo a cambiado.
Si te inyectas en el proceso (se entiende en memória) el firewall hasta hoy no se entera.

si se da cuenta, para algo calcula el hash del archivo.