Hola, tus dudas son fáciles de solucionar.. verás..

El MsgBox con VbQuestion+vbyesNo lo que hace es devolver True si pulsas en sí y False si pulsas en No, es como una variable Booleana por lo tanto si quieres que haga una cosa u otra dependiendo que botón pulse sólo tienes que meter el msgbox en un if que compare la respuesta con vbyes o vbno.

Ejemplo:

Private Sub Command1_Click()
If MsgBox("Texto", vbQuestion + vbYesNo, "Título") = vbYes Then
    MsgBox "has pulsado SI"
Else
    MsgBox "Has pulsado NO"
End If
End Sub
 

Para que te pregunte al cerrar el programa tienes que colocar tu código en Form_Unload. La función Form_Unload lleva un parámetro Cancel con el que podrás decidir si cerrar o no el formulario, lo pones a 1 si quieres impedir que se cierre tu programa y a 0 en caso contrario, es más claro con un ejemplo.

Ejemplo:

Private Sub Form_Unload(Cancel As Integer)
If MsgBox("Desea Salir", vbQuestion + vbYesNo, "Título") = vbYes Then
    Cancel = 0
Else
    Cancel = 1
End If
End Sub

Espero que te sea de ayuda,

Saludos!!

Cancel siempre va a ser igual a cero una vez entre en el "EVENTO Unload", solo cambiara si se lo indicamos, la comparación deberia hacerse con vbNo en lugar de vbYes. Mira este ejemplo:


¡S4lu2!