Hola,
Gracias a todos por las respuestas (ironía) 

Pues no entiendo como nadie ha respondido, pues no era muy difícil. Quizás no me expliqué bien...
Finalmente encontré la respuesta y hay tres formas de crear la carpetas personalizada:
1ra. Usando el comando de consola 
attrib. Donde 
+s convierte la carpeta en carpeta del sistema y 
-s la deshabilita como tal y  
+h convierte una carpeta o archivo en '
oculto'. 
-h la convierte en carpeta o archivo visible. 
- Shell "cmd /r attrib +s """ & strFolder & """" 
- Shell "cmd /r attrib +h """ & strFolder & "\Desktop.ini""" 
-   
2da. Utilizando la declaración API 
SetFileAttributes  y el atributo FILE_ATTRIBUTE_SYSTEM del kernel32.dll
Al usarse attrib.exe deduje que era cuestión de cambiar el atributo a "system". Además importé las declaraciones API de 
attrib.exe a ver que usaba y vi que usaba 
SetFileAttributes para cambiar el atributo.
- Private Declare Function SetFileAttributes Lib "kernel32" Alias "SetFileAttributesA" _ 
- (ByVal lpFileName As String, _ 
- ByVal dwFileAttributes As Long) As Long 
- Private Const FILE_ATTRIBUTE_SYSTEM = &H4 
-   
3ra. Utilizando la declaración API 
PathMakeSystemFolder que se encuentra en 
shlwapi.dllEsta forma quizás no es tan conocida. Lo econtré en una página china 
http://tech.sina.com.cn/s/2005-02-25/0927535579.shtml Convierte directamente la carpeta en carpeta del sistema. 
- Private Declare Function PathMakeSystemFolder Lib "shlwapi.dll" _ 
- Alias "PathMakeSystemFolderA" _ 
- (ByVal pszPath As String) As Long 
-   
Tras convertir la carpeta a "carpeta del sistema", se puede crear un archivo Desktop.ini en su interior y ahora sí este archivo ini es permitido (o leído) y se puede establecer la personalización de la carpeta.