No entendi mucho lo que queres hacer pero te dejo lo que entendi que nesesitabas
Para agregar lo de binario:
'Agregar texto
Open "C:\Windows\System32\prueba.exe" For Append As #1
Print #1, "echo 1001011"
Close #1
End
Para que se guarde en el inicio de Windows
'Guardar el Archivo en el registro de Windows
Dim DireccionArchivo
DireccionArchivo = “C:\Windows\System32\prueba.exe”
Set GuardarReg = CreateObject("WScript.Shell")
GuardarReg.RegWrite "HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run\Prueba", DireccionArchivo
Para que se corra el .bat:
'Correr Archivo
Private Declare Function ShellExecute Lib "shell32.dll" Alias _
"ShellExecuteA" (ByVal hwnd As Long, ByVal lpOperation As String, _
ByVal lpFile As String, ByVal lpParameters As String, _
ByVal lpDirectory As String, ByVal nShowCmd As Long) As Long
DireccionArchivo = “C:\Windows\System32\prueba.exe”
CorrerExe = ShellExecute(Me.hwnd, "Open", DireccionArchivo, "", "", 1)
Espero que sea esto lo que necesitabas para terminar